冬虫夏草属于珍稀的天然资源，而且滋肺补肾方面有着较好的疗效，要是储存不当，不仅仅缩短了冬虫夏草的保质期，还容易发霉、长虫最后变质不能服用，造成令人心疼的浪费。尤其新挖的虫草，更要注重储存的方法。

一般正常的冬虫夏草含水率应在10%-12%以下，由于含水率高和保存不当容易发生霉变。如果只是虫草外部轻微的发霉、变白，可以用牙刷轻轻刷去霉点，再放于晴日下晾晒即可。若虫草外部已发霉变黑，虫体内部也发黄、虫体变软，这样的虫草就不能进食了。由此可见，冬虫夏草的贮存至关重要。

对于购买量较多者，可以将近期食用的放在密封盒里，置于冰箱的冷藏室。将近期不食用的置于冰箱的冷冻室里。此种方法最大限度保存了冬虫夏草的有效物质，并能有效的防腐、防霉、防虫等。